Оплата осуществляется только за выполненные заказы. Ты выполнил два заказа по 100, они были оплачены. А третий заказ ты не выполнил, так как доставил 94, а нужно было 100. Контракт не выполнен - нет оплаты, всё честно.
Это происходило из-за того, что у тебя выключено отображение ресурсов на миникарте (Меню корпорации -> Карта -> Добыча ресурсов -> [Первый пункт]), теперь это исправлено.
Скорее всего вы слишком часто взрывали машину с ящиком. При каждом разрушении теряется 5% от количества каждого предмета. А патроны могут и не выпасть, тут рандом.